在用友软件科目已有费用的情况下，还可以在改科目下添加细目吗？

可以，但是会将该上级科目的金额，凭证和科目设置全部转移到新增的下级科目上。

如果我只是想记录科目下各公司的往来，可不可以用辅助核算？

可以的，是否挂辅助核算或是添加明细科目，是根据您的做账需求，没有强制性的。